32年前、世界は溢れんばかりの黒い幻影に覆われた。人類の生存を脅かす異世界「黒楽園」から現れる幻影を狩る「ウィッチハンター」の月宮薫は、復讐を求めて「災厄竜島」を訪れ、「白花の魔女」フィオナと出会う。喫茶店を経営し、何でも屋（と言っても過言ではない）であるフィオナは、薫に「私のボディーガードになってほしい」と提案する。「…えっ？」と戸惑いながらも、いつの間にかそこに住むことになっていた薫の朝が始まる。その翌日、「幽遊館」に事件が持ち込まれる。 「魔女」と「魔女ハンター」が最初に直面する難題は、Qシティにある超巨大多層構造物「骸骨楼」で発生した失踪事件である。